秋葉原レイヤー
かつて存在した廃駅・萬世橋駅。 現在もひっそりと存在している駅近郊には、地下空間がどこまでも続いている。
支柱を護る邪神 ハスター
この世界に4本存在するといわれる地上界の魂を天界に送る神秘の柱「オベリスク」。その第一支柱を護る、巨大な邪神。哲学的な言葉を使い、知力が高いことがうかがえる。
皆神レイヤー
大戦中の軍事施設として知られる皆神山。立ち入り禁止区域となっている地下壕が地底へと続いている。
支柱を護る邪神 クトゥグァ
炎の能力を扱う巨大で猛々しい悪魔。人の話を聞かず喧嘩腰で、好戦的な性格が読み取れる。
皆神で“水神クタァトの鍵”を拾った隼人。レイヤーが関係しているはずというルアの言葉に従い、隼人とルアは奇妙な噂を追い、巨大な地下街を持つ街・梅田に向かう。現地で“開かずの扉”の情報を得た隼人とルアは、その先にレイヤーの存在を確認する。その頃、堕天使達も梅田レイヤーへと赴いていた。
梅田レイヤー
巨大な地下街が存在する大阪・梅田。 “開かずの扉”と呼ばれる扉の先には誰も知らない地下帝国とも噂される空間が広がっている。
支柱を護る邪神 ダゴン
クトゥルーに組する邪神の一柱。 《深きもの》を統率する存在であり、クトゥルーに最も忠誠を誓っている。 水の中を得意としており、人前に姿を見せることはあまりない。魚の頭と鱗を持つ海神とされ、その眷属たちにも同じ特徴を持つものが多い。
バルシアを追い、隼人とルアは富士山を訪れる。奇妙な噂の取材を続けていると、この場所でもレイヤーを発見。レイヤーの奥で隼人とルアはバルシアと邪神クトゥルーに対峙することとなるのだった。
富士山レイヤー
古来より幾多の人が登った富士の霊峰。だが、そのすそ野に広がる樹海は迷える人を飲み込み帰さない。 ゆえに、その場所には死者を悼しみ神を崇める祭壇が存在しているという。
支柱を護る邪神 クトゥルー
本来その名は人の口で発声することはできない音の連なりである。自らが神となるために神を倒そうとして地上界へと深き彼方よりやってきた。地上界ではオベリスクを支配するために魂や生命に近い《樹》の力を操る。